A história gira em torno da vida de Pedro Rubião de Alvarenga, ex-professor primário, que torna-se enfermeiro e discípulo do filósofo Quincas Borba, que falece no Rio, na casa de Brás Cubas. Com isso, Rubião é nomeado herdeiro universal do filósofo, sob a condição de cuidar de seu cachorro, de nome Quincas Borba também.
Rubião, então, parte para o Rio de Janeiro e, na viagem, conhece o capitalista Cristiano de Almeida e Palha e também Sofia que lhe dispensava olhares e delicadezas. Sofia era mulher de Crtistiano, mas Rubião se apaixonou por ela, tendo em vista o modo em que os dois entraram em sua vida.
O amor era tão grande que Rubião foi obrigado a assumi-lo perante Sofia. Para o espanto, Sofia recusa seu amor, mesmo tendo lhe dado esperanças tempos atrás, e conta o fato para Cristiano.
Apesar de sua indignação, o capitalista continua suas relações com Rubião pois queria obter os restos da fortuna que ainda existia.
O amor de Sofia, não correspondido, aos poucos começa a despertar a loucura em Rubião. Essa loucura o levou à morte e foi comparada à mesma que causou o falecimento de Quincas Borba. Louco e explorado por várias pessoas, principalmente Palha e Sofia, Rubião morre na miséria e assim se exemplifica a tese do humanitismo
